Una delle mansioni più importanti della Segreteria generale è la preparazione delle assemblee ordinarie della Conferenza dei vescovi e lʼattività susseguente. La Segreteria generale coltiva le relazioni con enti ecclesiali e statali tramite una nutrita corrispondenza. Resta in contatto permanente con organi, istituzioni e commissioni affiliati alla Conferenza dei vescovi. Si prefigge di mantenere i contatti con altre conferenze episcopali – innanzitutto le limitrofe. La Segreteria generale si attiene alle istruzioni del presidente della Conferenza e opera dʼintesa con il membro della Conferenza garante del relativo settore dʼattività. La Segreteria generale è diretta dal segretario generale, eletto dai membri della Conferenza dei vescovi.